1987年10月，中国共产党第十三次全国代表大会在北京隆重召开。会议的中心议题是进一步加快和深化改革。会议提出了党在社会主义初级阶段的基本理论和基本路线，即以经济建设为中心，坚持思想基本原则，坚持改革开放。同时，十三大政治报告还明确提出了“完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度”，为多党合作进一步发展指明了方向。

为了贯彻中共十三大精神，同时根据一次代表大会确定的一届委员会工作时限安排，1988年6月15日至6月18日，由一届委员会筹备召开了九三学社辽宁省第二次代表大会。第二次代表大会共席代表112人。其中当然代表20人，当选代表86人，特邀代表6人。

6月15日，大会开幕。会议由大会主席团执行主席胡国栋、曾繁礽、陈恩凤、宋则行、王文元等分别主持。社中央执行局委员薛公绰、中共辽宁省委副书记孙奇以及省人大、省政府、省政协、省各兄弟党派工商联领导同志出席会议。孙公绰代表社中央执行局宣读了贺信，中共辽宁省委副书记孙奇代表中共辽宁省委作了重要讲话。

一届委员会主委陈恩凤致开幕词。指出，在过去的四年里，九三学社辽宁省一届委员会认真贯彻执行中共十二大、十三大的基本路线们坚持四项基本原则，不断加强自身建设，紧紧围绕统一祖国，振兴中华这一总任务，发挥社的优良传统和治理密集优势，努力提高参政议政能力，积极参与国家政治生活，积极投身改革发展大业，积极参加政治协商、民主监督及决策咨询，为社会主义建设服务，做出了积极的贡献。本次代表大会的主要任务是学习贯彻中共十三大精神，，推进改革开放大业，实现组织新老交替。具体有三项议程：听取审议第一届委员会工作报告；选举产生第二届委员会；选举出席九三学社第五次全国代表大会代表。

一届委员会副主委宋则行代表一届委员会作了题为《加强自身建设，发挥智力优势，为振兴辽宁、建设有中国特色的社会主义服务》的工作报告。报告认为，一届委员会工作四年来，我们国家在中国共产党的正确领导下，全面开创社会主义现代化建设新局面，进行改革和开放，取得了建国以来前所未有的巨大成就。国民经济持续发展，城乡人民生活进一步改善，民族精神获得新的解放。长期禁锢和窒息人们思想的许多旧观念受到冲击，积极改革、勇于开拓、讲求实效已形成潮流。社会主义民主政治逐步走向完善，爱国统一战线空前扩大，全国呈现出一派团结向上、生机勃勃的大好形势。国家面貌发生的深刻变化为我社开创新局面提供了广阔的背景和前提。一届委员会工作的四年中，全省社的各级组织，遵照九三学社章程，自觉接受中国共产党的领导，以党和国家及各级党、政部门的中心工作作为重心，认真贯彻中国共产党“长期共存，互相监督”、“肝胆相照，荣辱与共”方针，在社中央和中共辽宁省委的领导下，不断加强自身建设，积极参政议政，参加国家、省、市大政方针的政治协商和民主监督；积极投身改革和开放，在做好岗位工作的同时，面向社会，广泛开展科技咨询、技术服务，在各领域工作中取得了成绩。报告从四个方面总结了一届委员会的工作。一、积极参加省市施政方针的政治协商和决策咨询；二、为改革开放和国家经济建设服务，广泛开展科技咨询服务活动；三、注重加强成员的而自我教育和社的而自身建设，组织不断发展壮大，成员素质不断提高；四、对外联络工作逐步展开。同时对今后工作提出了建议。报告全面分析了当前的形势，指出，中共十三大系统总结了十一届三中全会以来的改革开放经验，从科学分析我国国情出发，提出了社会主义初级阶段的理论和中国共产党在社会主义初级阶段建设有中国特色社会主义的基本路线，即“以经济建设为中心，坚持思想基本原则，坚持改革开放、自力更生、艰苦创业，为把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义现代化国家而奋斗。”这条基本路线紧紧围绕发展生产力这个根本任务，把发展生产力作为整个初级阶段的工作重心，作为考虑一切问题的出发点和检验一切工作的根本标准。这条路线不但为我们认识问题，开展工作提供了依据，指明了方向，也为我们今后工作提出了新的任务。指出，中共辽宁省委、省政府提出的加速辽东半岛外向型经济建设，积极参加国际经济交换和国际竞争的俄战略任务，是振兴辽宁经济的一项重要举措，不但为全省经济建设开辟了新路，也为我们各民主党派工作提供了又一个广阔的活动天地。会议根据新形势和新任务，对今后工作提出了四项建议：一、进一步加强自身建设，从思想上和组织上适应形式发展的需要；二、增强政党意识，积极参政议政；三、为深化改革服务，为加快发展辽东半岛外向型经济服务，更广泛、深入地开展好科技咨询服务工作；四、继续搞好与海外三胞联谊工作，为祖国和平统一服务。

大会以无记名投票选举的方式选举产生了九三学社辽宁省第二届委员会。第二届委员会由29人组成。分别为：王一鸣、王文元、王克昌、王灿文、王琉岳、龙献福、刘玄恭、刘智海、朱涵华、肖万里、宋则行、吴忠伟、陈鸣霄、李悦夫、张文彬、张伯伦、张冷松(女)、欧阳筏苏(女)、周家纯、范振铨、祝明仁、袁乃勤、唐立民、高继中、黄维国、曹楚南、虞孟汉、臧文婽、黎鹏。在6月18日举行的九三学社辽宁省第二届委员会第一次全体会议上推举陈恩凤同志为名誉主任委员，选举宋则行同志为主任委员，王文元、唐立民、高继中、黄维国、龙献福、王毓岳、王克昌、曹楚南为副主任委员。龙献福兼秘书长。大会推举胡国栋、关绍宗、曾繁礽、赵仁镕、郭可讱、周传儒6名同志为九三学社辽宁省第二届委员会顾问。同时选举产生了出席九三学社第五次全国代表大会代表。

     代表大会结束后，根据中共十三大精神和我社面对的新形势，二届委员会提出要进一步完善中国共产党领导的多党合作，高举社会主义和爱国主义的两面旗帜，为建设有中国特色的社会主义服务，为统一祖国、振兴中华服务，加强自身建设，完善党派的政党机制。指导各级组织将工作重点转移到加强自身建设，增强政党意识，积极参政议政上来，社省委为了加强有关方面工作，除原有的设置机构外，又增加了参政议政委员会和对外联络委员会。由主委宋则行兼任参政议政委员会主任，王文元兼任副主任，欧阳筏苏任对外联络委员会主任，张文彬任组织部部长，虞孟汉任宣传部部长，陈鸣霄任科技咨询工作部部长，张冷松任妇女工作委员会主任，臧文婽、程洁任副主任。

在1989年召开的二届二次全委会上又增补祝明仁为社省委二届委员会副主任委员。